เมื่อ 30 – 40 ล้านปีมาแล้ว พื้นที่ชายฝั่งทางภาคใต้มีลักษณะภูมิประเทศเป็นที่ลุ่ม มีหนองน้ำใหญ่ สภาพแวดล้อมเหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของสิ่งมีชีวิต โดยเฉพาะหอยขมน้ำจืด

เมื่อเวลาผ่านไป สภาพแวดล้อมมีการเปลี่ยนแปลง พืชและสัตว์ล้มตายลงตามวงจรชีวิต เกิดการสะสมและทับถมกัน อีกนับล้านปีต่อมาก็เกิดเป็นชั้นหินแข็งตามกระบวนการทางธรณีวิทยา ซากหอยกลายเป็นฟอสซิลหรือซากดึกดำบรรพ์ ส่วนซากพืชกลายเป็นถ่านหินลิกไนต์ซึ่งอยู่ชั้นล่างซากหอยอีกที ต่อมาเปลือกโลกและสภาพอากาศมีการเปลี่ยนแปลง ทำให้พื้นที่บริเวณบ้านแหลมโพธิ์ถูกยกตัวสูงขึ้นเป็นที่ดอน จนเมื่อ 10,000-6,000 ปีที่ผ่านมาเกิดปรากฏการณ์ระดับน้ำทะเลสูงขึ้นทั่วโลก แล้วลดระดับลงมาเรื่อยๆ ทำให้บริเวณสุสานหอยกลายเป็นพื้นที่ชายฝั่งทะเลดังเช่นปัจจุบัน